萌学园，传说成立的时间是在地球诞生的年代，是一所由夸克族人组成的魔法学校，隐藏在地球大气层外平行空间里，并由现任萌骑士幻之星（李昂霖 饰）、炎之星（刘书宏 饰）、智之星（林奕勋 饰）、十之星（阿本 饰）、月之星（彩虹 饰…

故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。