故事由前一部的“异界对决”拉开序幕，夸克族的未来以及萌骑士们守护夸克族的家园，宇宙和平。

力量强大的海地司进入反噬镜，破坏时空封印的部分结界，不慎开启时空裂缝！窜出的暗黑气息连带影响日月潮汐，夸克族即将灭亡！萌学园人心惶惶，学生们纷纷出走，长老会新派任的校长要追查出隐藏在反噬镜里的秘密……