打着人类世界最后的故事之旗号，描绘了某一天因未知病毒的肆虐，人类面临着灭亡的窘境。此时，只有13岁以下的孩子们不会被病毒所感染，而这些孩子被从地下都市出现的吸血鬼所囚禁，并作为血液的供方用于饲养家畜。两位主人公——百夜优一…

明治时代，随着文明开化及迅速西化，使得日本进入前所未有的改革期。无法接受这种变化的人、及对于新政府有所不满的人因此犯下罪过。而囚禁这些罪犯的地方，便是位于日本最大湖——琵琶湖湖心的巨树监狱！以作为摆渡人，代代供奉大蛇的阴…