故事会以《战国BASARA3》为蓝本，将“关原之战”设为舞台。彼时为群雄割据的战国乱世，高歌天下布武的大魔王织田信长，在本能寺遭遇心腹大将明智光秀的反戈讨伐。在信长阵亡后，拥有压倒性战力的丰臣秀吉成为一方霸主。另一边，奥州最强…

微型传说的战斗已经过了10年。在地球上，汽车人发现了新的能源，被称为能量晶体的奇特能源。与此同时，潜伏于UNICRON残骸中的ALPHA Q率领的恐惧兽军团开始朝着世界各地的能量晶体开采处进攻。也就在此时，威震天转生为惊破天，并重新集结…