成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

这是一个发生在19世纪（维多利亚时代）英格兰的浪漫幻想故事。主角莉迪雅是位可以看见妖精并与他们沟通的妖精博士，她的朋友是一只有点任性的妖精猫尼可。为了与父亲见面，莉迪雅搭上了开往伦敦的船，在船上遇到了自称为爱德格的男子，他…